Na página principal em RECÉM CHEGADOS, é mostrado automaticamente a ordem dos últimos cadastrados na loja. Sendo a ordem é os últimos primeiro.
Em POPULAR é mostrado na ordem sendo os primeiros os mais populares. Ou seja, mais visitados.
Mas é possível você mudar a ordem que é mostrado quando o visitante clicar na categoria do produto.
Para alterar essa configuração logue no painel administrativo da sua loja.
Vá para as opções PREFERÊNCIAS > PRODUTOS
Na tela que se abrir role a página até a área PAGINAÇÃO. Seleciona a ordem desejada conforme mostra na imagem abaixo e depois cliquem em salvar.
Prontinho.